Los fondos de agua establecen mecanismos institucionales de múltiples partes interesadas para el financiamiento sostenible de la conservación de cuencas hidrográficas. El FONAPA o Fondo de Agua Para la Protección de la Cuenca del Río Paute (CRP) lleva a cabo múltiples actividades en zonas específicas de la CRP. Dichas actividades tienen como principal objetivo el salvaguardar los recursos hídricos de la cuenca a través de la implementación de acciones de conservación y restauración ecológica. El actual documento corresponde a un protocolo diseñado para el FONAPA para evaluar las implicaciones ecohidrológicas de los accionares del FONAPA. El protocolo está diseñado en el contexto de la ecohidrología, disciplina que caracteriza un estado ecológico a través de varaibles de respuesta biológica respecto de parámetros descriptivos o explicativos como por ejemplo del tipo hidro-geomorfológicos, fisicoquímicos, etc. Las variables de repuesta biológica que se plantean evaluar son los macroinvertebrados bentónicos y sus características taxonómicas y funcionales. Los parámetros del tipo explicativos a ser monitoreados son los bosques riparios, la heterogeneidad del lecho, caudales, y variables fisicoquímicas y microbiológicas. El delineamiento del protocolo estuvo basado en trabajos de investigación científica llevados a cabo en la CRP. Se plantean además alternativas para valorizaciones más precisas de ciertos componentes como los bosques riparios o caudales, mismas que podrían ser implementadas en un futuro cercano gestionando financiamiento extra para las actividades de monitoreo. El protocolo de monitoreo es práctico, y ha sido diseñado para ser una real herramienta de gestión para el FONAPA.